Características moleculares y susceptibilidada antibióticos de cepas de Staphylococcusaureus colonizantes de pacientes conpatologías nasales procedentes de Cartagena(Colombia), 2015: estudio observacional / Molecular characterization and antibiotic susceptibility of Staphylococcus aureus strains colonizing patients with nasal pathology from Cartagena (Colombia), 2015: observational study

Staphylococcus aureus es uno de los principales patógenos causantes deinfecciones tanto a nivel hospitalario como comunitario. El objetivo de este estudio fuedeterminar características moleculares y los perfiles de resistencia a antibióticos deaislamientos de Staphylococcus aureus colonizantes de pacientes con patología nasalatendidos en el servicio de Otorrinolaringología del Hospital Universitario del Caribede la ciudad de Cartagena, Colombia. Métodos: los aislamientos de Staphylococcusaureus obtenidos de pacientes colonizados fueron sometidos a extracción de ADNy ensayos de PCR para determinar la presencia de los genes mecA y lukS/F-PV.Se determinó la pertenencia de las cepas a los complejos clonales CC5 y CC8, y sedeterminaron las relaciones clonales de los aislamientos mediante análisis de PFGE.A las cepas SARM se les tipificó y sub-tipificó el casete cromosomal estafilocócicoSCCmec mediante PCR múltiple. Resultados: la prevalencia de colonización encontradapara Staphylococcus aureus fue 22.8% y 5.26% para SARM. Del total de aislamientosSARM, 33.3% estuvieron relacionados con el clon CC8-SARM-IVc y 22.28%con CC8-SARM-IVa. Los genes para la leucocidina PVL se identificaron en 66.7% deaislamientos SARM y 40% de aislamientos sensibles a meticilina (SASM)...

Características clínicas y sociodemográficas de los casos con tuberculosis resistente en el municipio de Armenia, Quindío (Colombia) / Clinical and socio-demographic characteristics of tuberculosis with antimicrobial resistance in Armenia, Quindio (Colombia)

Objetivo: Analizar los factores sociodemográficos y clínicos de los pacientes con diagnóstico de tuberculosis resistente en el municipio de Armenia durante el período 2006-2009. Métodos: Se realizó un estudio descriptivo y retrospectivo con base en la notificación de pacientes con tuberculosis resistentes durante el período de estudio. Los datos fueron tomados de los registros consignados en las fichas de notificación y las tarjetas individuales de tratamiento categoría IV. Resultados: Entre 2006 y 2009, 678 pacientes ingresaron en el programa de control de la tuberculosis. De ellos, 14 casos (2,0%) fueron resistentes al menos a un medicamento, y entre estos, 7 (50%) fueron multirresistentes. El 21% estuvo asociado a infección por virus de la inmunodeficiencia humana. La tasa de fallecimientos en pacientes con tuberculosis con farmacorresistencia múltiple fue del 71%. Se encontró amplificación de la resistencia en 2 casos, quienes presentaron deterioro en el estado de salud y deceso. Conclusión: La situación en Armenia de resistencia a antituberculosos es de proporción similar a la del resto del país. Se encontraron factores de riesgo conocidos en los casos de resistencia (coinfección con virus de la inmunodeficiencia humana, farmacodependencia, abandono social) en la mayoría de casos, pero también de resistencia primaria y sin factores de riesgo con farmacorresistencia múltiple y una alta mortalidad, lo que llama la atención para mejorar la vigilancia y el control de los casos en tratamiento en la ciudad.

Objective: To analyze the socio-demographic and clinical diagnosis of patients with resistant tuberculosis in the municipality of Armenia in the period 2006-2009. Methods: We performed a retrospective descriptive study based on the notification of patients with resistant tuberculosis during the study period, data were taken from registrations under notification forms and individual treatment cards category IV. Results: 678 patients were admitted to the program of tuberculosis control between 2006 and 2009, 14 cases (2,0%) were resistant to at least one drug and from these cases 7 were multidrug resistant (MDR). In 21% of cases there was co-infection with HIV. The death rate in patients with MDR-TB was 71%. Amplification in resistance was observed in two cases which lead to further deterioration in the health status and death. Conclusion: Armenia has levels of resistance to anti tuberculosis drugs similar to the reported in the rest of Colombia. We found factors already know to be associated with resistance (drug addiction, social abandon, HIV co infection) but there were also cases without these factors and with primary MDR and high mortality, therefore is urgent to improve the public health measures for cases under treatment in this city.

Efecto micobactericida del ácido hipocloroso en tres especies ambientales potencialmente patógenas y en Mycobacterium tuberculosis / Mycobactericidal effect of hypochlorous acid in three potentially pathogenic environmental species and in Mycobacterium tuberculosis

Objetivo. Evaluar el efecto micobactericida del ácido hipocloroso siguiendo las normas internacionales de desarrollo de nuevos desinfectantes. Materiales y métodos. Se evaluó la efectividad del ácido hipocloroso en Mycobacterium chelonae, M. fortuitum, M. intracellulare y M. tuberculosis en diferentes concentraciones en cuatro intervalos de tiempo, a 225 ppm, 450 ppm, 750 ppm y 1.500 ppm, durante 5, 10, 15 y 20 minutos. Las pruebas desarrolladas fueron: exposición directa al desinfectante en condiciones limpias, exposición con interferencia (condiciones sucias), exposición en superficies en condiciones limpias y prueba de corrosión del desinfectante. Resultados. Todas las concentraciones evaluadas del ácido hipocloroso en condiciones limpias, es decir, en exposición directa y en superficies, resultaron ser efectivas durante todos los intervalos de tiempo, mientras que para la prueba con interferencia, fue necesario aumentar el tiempo, la concentración o ambos para tener, al menos, un 99,9 % de efectividad del desinfectante sobre la concentración bacteriana usada; estos resultados probablemente dependieron de la reducción de la concentración del ácido hipocloroso, causada por la interferencia con albúmina y de la resistencia intrínseca de cada especie micobacteriana. Conclusiones. El ácido hipocloroso es 100 % efectivo en todos los intervalos de tiempo y a todas las concentraciones evaluadas en condiciones limpias, y demostró ser efectivo después de lavados que arrastren con la mayoría de materia orgánica en una superficie, debido a que, en condiciones sucias, sólo es efectivo con las concentraciones más altas (900 y 1.500 ppm) y en tiempos mayores de 15 minutos.

Objective: to evaluate the mycobactericidal effect of hypochlorous acid according to the international standards for the development of new disinfectants. Materials and methods: the effectiveness of hypochlorous acid in M. chelonae, M. fortuitum, M. intracellulare and M. tuberculosis was evaluated at different disinfectant concentrations in 4 time intervals, at 225 ppm, 450 ppm, 750 ppm and 1500 ppm for 5, 10, 15 and 20 minutes. The main tests Results: all concentrations of hypochlorous acid tested in clean conditions, i.e. in direct exposure and in surfaces, were found to be effective at all the time intervals, while for the test with interference it was necessary to increase the time and/or concentration of the disinfectant for it to be at least 99.9% effective in the bacterial concentration used; these results were likely due to the reduction of acid concentration caused by the albumin used as interference and the intrinsic resistance of each mycobacterial species. Conclusions: hypochlorous acid is 100% effective in clean conditions at all the time intervals and in all the concentrations tested, proving to be effective after performing washes that drag away most organic matter on a surface, as in contaminated conditions its effectiveness is reduced to just higher disinfectant concentrations (900 and 1500 ppm) and times longer than 15 minutes.

Design of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit gene / Diseño de un método molecular para la identificación específica de Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie, usando el gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S

Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis and the ozena infections caused by K. pneumoniae subsp. ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the symptoms are unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot reach effective results and patients must be following up for several years since the infection became chronic. Objective: To identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on amplicons restriction of a gene which encodes 16S subunit ribosomal (rDNA16S). Methodology: Specific restriction patterns were generated; using reported sequences from rDNA16S gene and bioinformatics programs MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction assays were standardized. Results: Predictions in silico allowed us to propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies identification. Two reference strains were included and two clinical isolates which were biotyped and identified by the proposed method. rDNA16S gene restriction patterns showed differences regarding the initially identified species for conventional methods. Additionally two patterns of bands were observed for K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis, indicating the polymorphisms presence in the rDNA16S gene. Conclusions: We confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae subspecies by conventional methods. Implementation of this technique could allow accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae subsp. ozaenae and K. pneumoniae subsp. rhinoscleromatis the aetiological agents of two frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually could be ineffective, especially in chronic patients. Finally we consider very important to enlarge the study by using more clinical and reference strains.

Introducción: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae subsp. rhinoscleromatis y la ocena por K. pneumoniae subsp. ozaenae, respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior y originan una sintomatología inespecífica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro común. Las dificultades para establecer un diagnóstico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, que puede no ser efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase crónica cuyo seguimiento en el paciente puede necesitar muchos años. Objetivo: Diseñar un ensayo molecular para la identificación a nivel de subespecie de bacterias del género Klebsiella basado en restricción de amplicones del gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S). Metodología: Se generaron patrones de restricción específicos, con secuencias informadas del gen ADNr 16S y los programas bioinformáticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para la amplificación y restricción del ensayo experimental.Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer un algoritmo para identificar a nivel de especie y subespecie los miembros del género Klebsiella. Se incluyeron dos cepas de referencia y dos aislamientos clínicos, que fueron biotipificados e identificados por el método propuesto; los patrones de restricción obtenidos del gen ADNr 16S evidenciaron diferencias respecto a la especie inicialmente identificada por métodos convencionales. Además, se encontraron dos patrones de bandas en K. pneumoniae. rhinoscleromatis, que indican la presencia de polimorfismos en el gen ADNr 16S para esta subespecie.

Design of a molecular method for subspecies specific identification of Klebsiella pneumoniae by using the 16S ribosomal subunit gene / Diseño de un método molecular para la identificación específica de Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie, usando el gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S

Introduction: Rhinoscleroma is caused by Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis and the ozena infections caused by K. pneumoniae ozaenae, both infections affect the upper respiratory tract. In the first clinical phases the symptoms are unspecific, and the disease can be misdiagnosed as a common cold, therefore antimicrobial therapy cannot reach effective results and patients must be following up for several years since the infection became chronic. Objective: To identify Klebsiella subspecies using a specific assay based on amplicons restriction of a gene which encodes 16S subunit ribosomal (rDNA16S). Methodology: Specific restriction patterns were generated; using reported sequences from rDNA16S gene and bioinformatics programs MACAW, PFE, GENEDOC and GENE RUNNER. Amplification and restriction assays were standardized. Results: Predictions in silico allowed to propose an algorithm for Klebsiella species and subspecies identification. Two reference strains were included and two clinical isolates which were biotyped and identified by the proposed method. rDNA16S gene restriction patterns showed differences regarding the initially identified species for conventional methods. Additionally two patterns of bands were observed for K. pneumoniae rhinoscleromatis, indicating the polymorphisms presence in the rDNA16S gene. Conclusions: It was confirmed the difficulty to identify K. pneumoniae subspecies by conventional methods. Implementation of this technique could allow an accurate and rapid differentiation among K. pneumoniae ozaenae and K. pneumoniae rhinoscleromatis aetiological agents of two frequently misdiagnosed infections. Antimicrobial therapy usually could be ineffective, especially in chronic patients. Finally it is considered very important to enlarge the study by using more clinical and reference strains.

Introducción: El rinoescleroma es causado por Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis y la ocena por Klebsiella pneumoniae ozaenae respectivamente. Estas infecciones se presentan sobre todo en el tracto respiratorio superior y tienen una sintomatología inespecífica en sus fases iniciales por lo cual se pueden confundir con el catarro común. Las dificultades de establecer un diagnóstico oportuno tienen repercusiones negativas en la terapia antimicrobiana, porque puede no ser efectiva y hacer que la enfermedad evolucione a una fase crónica cuyo seguimiento puede implicar muchos años. Objetivo: Diseñar un ensayo molecular para la identificación a nivel de subespecie de bacterias del género Klebsiella basado en restricción de amplicones del gen que codifica para la subunidad ribosomal 16S (ADNr 16S).Metodología: Se generaron patrones de restricción específicos, utilizando secuencias informadas del gen ADNr 16S y los programas bioinformáticos MACAW, PFE, GENEDOC y GENE RUNNER. Se estandarizaron las condiciones para la amplificación y restricción para el ensayo experimental.Resultados: Las predicciones in silico permitieron proponer un algoritmo para la identificación a nivel de especie y subespecie de las especies del género Klebsiella. Se incluyeron dos cepas de referencia y dos aislados clínicos, que se biotipificaron e identificaron por el método propuesto; los patrones de restricción obtenidos del gen ADNr 16S evidenciaron diferencias con respecto a la especie inicialmente identificada por métodos convencionales. Además se encontraron dos patrones de bandas en Klebsiella pneumoniae rhinoscleromatis, indicando la presencia de polimorfismos en el gen ADNr 16S para esta subespecie. Conclusiones: Se confirmó la dificultad para identificar Klebsiella pneumoniae a nivel de subespecie por métodos convencionales.

Producción de anticuerpos policlonales IgG contra una proteína con actividad de óxido nítrico sintetasa de Toxoplasma gondii recombinante (NOS-Tg-r) y marcación inmunológica en taquizoítoso / Production of Polyclonal Antibodies against Toxoplasma gondii Recombinant protein with Nitric Oxide Synthase activity and immunologic marking in Tachyzoites

La enzima óxido nítrico sintetasa ha sido estudiada en mamíferos; en los últimos años se ha descrito que existe también en protozoos, pero se desconocen aspectos importantes de su función. Se logró producir anticuerpos policlonales contra la proteína recombinante con actividad de óxido nítrico sintetasa (NOS-Tg-r) de Toxoplasma gondii y realizar marcación inmunológica en taquizoítos. Se usaron dos conejos Nueva Zelanda (Oryctolagus cuniculus)que se inmunizaron por vía intramuscular con NOS-Tg-r, y dos tipos de adyuvantes, hidróxido de aluminio y adyuvante de Freund. Se comprobó la presencia de anticuerpos policlonales con la técnica de ensayo inmunoenzimático indirecto. Los resultados obtenidos mostraron que a NOS-Tg-r con adyuvante de Freund indujo mayor respuesta inmune que la de la NOS-Tg-r con hidróxido aluminio p 0,005). Para verificar si había reacción cruzada, se realizó una prueba ELISA utilizando como antígenos: metaloproteasa de T. gondii recombinante, cisteína proteasa 5 de Entamoeba histolytica recombinante, albúmina al 2%, hidróxido de aluminio y adyuvante de Freund. Los valores obtenidos con sueros preinmunes y contra proteínas alternas no superaron el punto de corte (0,069), lo cual indica que los anticuerpos policlonales obtenidos son específicos para NOS-Tg-r. Se realizó marcación inmunológica en taquizoítos de Toxoplasma gondii con inmunofluorescencia indirecta que mostró una marcación difusa a nivel de citoplasma y confirmó la presencia de esta proteína en los taquizoítos.

The nitric oxide synthase (NOS)is an enzyme well described on mammals but little is known about the role of these enzymes on pathogenic parasites. We produced polyclonal antibodies against a recombinant NOS enzyme from Toxoplasma gondii nd e lso er formed n mmunol locali zation of the enzyme on tachyzoites. We used two New Zealand rabbits (Oryctolagus cuniculus) to perform intramuscular immunization and we used two types of adjuvant: aluminum hydroxide and Freund ’s adjuvant. We tested the generation of polyclonal antibodies by an indirect ELISA assay. The results showed that levels of antibodies were higher in rabbits immunized with Freund ’s adjuvant than with aluminum hydroxide (p =0.005). In order to test cross reactions, we used a recombinant Toxoplasma metallooprotease, a recombinant cysteine protease from Entamoeba histolytica, albumin 2%, hydroxide aluminium and Freund ’s adjuvant as antigens on indirect ELISA assays for the polyclonal serum antibodies. No serum showed absorbances higher than the cutoff level with these antigens, indicating that the polyclonal antibodies were specific for recombinant Toxoplasma NOS. Additionally, we performed immunodetection of the enzyme on Toxoplasma gondii tachyzoites and we obtained a diffuse labeling of the parasite.

Búsqueda activa de individuos con tuberculosis pulmonar y extrapulmonar en Calarcá-Quindío, Colombia-2005 / Detecting active tuberculosis in Calarcá-Quindío, Colombia, during 2005

Objetivo Describir características socio demográficas en una muestra de 195 pacientes sintomáticos respiratorios y 18 pacientes tuberculosos de Calarcá - Quindío, Colombia en el 2005. Metodología Se realizó búsqueda activa de tuberculosos en tres zonas urbanas, la cárcel del municipio de Calarcá y el Hospital Universitario San Juan de Dios. Previo ingreso al estudio los pacientes diligenciaron una encuesta y un consentimiento informado. A cada paciente se le tomaron muestras de esputo para baciloscopia y cultivo en medio de Ogawa-Kudoh. Cuando se observó crecimiento se realizó identificación fenotípica por pruebas bioquímicas y genotipificación por spoligotyping. Resultados Se identificaron 195 pacientes sintomáticos respiratorios y 18 (9,2 por ciento) pacientes tuberculosos, de ellos el 78 por ciento corresponde al género masculino y 22 por ciento al femenino con una edad promedio para ambos sexos de 40 años. Se procesaron un total de 174 muestras de esputo, 21 lavados bronco alveolares, una muestra de orina, una muestra de ganglio cervical y un liquido pleural. El 77 por ciento de las muestras analizadas fueron positivos por examen directo y cultivo, 16,7 por ciento por cultivo y el 5,5 por ciento por baciloscopia únicamente. El promedio de baciloscopias por paciente fue 2,3. La prueba de spoligotyping realizada evidenció la presencia de los genotipos H1, T1, H3 y LAM9. Conclusión Los resultados obtenidos demuestran la importancia de realizar simultáneamente baciloscopia y cultivo para aumentar la detección de pacientes bacilíferos sintomáticos respiratorios, al igual que en el seguimiento y control de estos pacientes. Se demostró la presencia de cuatro genotipos diferentes de Mycobacterium tuberculosis en Calarcá.

Objective Describing socio-demographic characteristics in a population of 195 respiratory symptomatic and 18 tuberculosis patients from Calarcá-Quindío, Colombia during 2005. Methods An active search for individuals having symptomatic tuberculosis was carried out in three urban areas, Calarca's municipal prison and the San Juan de Dios teaching hospital. Prior to entering the study, the patients were required to fill out an application form and sign an informed consent form. Sputum samples were taken from each patient for bacilloscopy and culture in Ogawa-Kudoh medium. Phenotypic and genotypic identification were made when growth was observed by using conventional and molecular methods. Results 18 (9 ,2 percent) out of 195 individuals having respiratory symptoms were diagnosed as having tuberculosis. 78 percent were male and 22 percent female; the average age was 40 for both genders. 174 sputum, 21 bronchial lavage, one urine, one cervical ganglia and pleural liquid sample were analysed; 77 percent proved positive by direct smear test and culture, 16,7 percent by culture and only 5,5 percent by direct smear test. Bacilloscopy average per patient was 2 ,3 . The presence of H1, T1, H3 and LAM9 genotypes was demonstrated by using the spoligotyping test. Conclusions The results confirmed the importance of using both direct smear test and/or culture for improving the early detection of pulmonary tuberculosis, its follow-up and control. The existence of four different Mycobacterium tuberculosis genotypes in Calarcá was established.